През 560 година византийският писател Прокопий Кесарийски завършва своята книга За строежите, която прославя грандиозната строителна дейност на Юстиниан І в цялата империя. В началото на книгата, като дава подробни сведения за изградената 23 години по-рано „Света София“, древният автор я описва така: „Тази църква е невероятно зрелище, изумително за онези, които са го видели и въобще неправдоподобно за онези, които само са чували за него. Тя се издига до небесата и сякаш изплува сред обкръжаващите я постройки и се свежда над целия град“.

В продължение на 916 години Великата църква е седалище на Константинополския патриарх, като в нея се извършват всички тържествени церемонии на империята – коронациите на императорите, кръщението на децата от императорското семейство, освещаването на бойните знамена на византийската армия.

След 53-дневна обсада султан Мехмед II завоюва Константинопол и остава в историята с титлата Завоевател. Докато се водят последните боеве по улиците на завладяната столица, през нощта на 28 срещу 29 май 1453 година в императорската катедрала „Света София“ се отслужва последната Литургия. Императорът Константин XI Палеолог и неговата свита се приобщават със Светите тайни и взаимно се прощават с патриарх Атанасий II. Последното християнско богослужение било всъщност заупокойна Литургия за отлитащия дух на могъщата и славна някога империя.

После императорът излиза, облича военни доспехи, взема меч и се сражава редом до последните бранители на столицата. През това време в храма молитвата не престава. Когато Константинопол е покорен напълно, богомолците, които очакват чудо, се заключват вътре и продължават да се молят. Последните бранители са убити, тежките порти на величествената духовна крепост са разбити и завоевателите нахлуват с победни възгласи. Храмът е подложен на плячкосване, а богомолците – на насилие и поругание. Свещениците продължават да четат молитви в олтара, докато също не били изкарани със сила. Започнало поругаване на християнските светини. Всички ценности били плячкосани. До края на деня в града не останало почти нищо за разграбване. Султанът отложил своето влизане в града до вечерта, когато стихне разгулът на клането и грабежа. В края на деня заповядал да се прекрати разграбването. Приел в шатрата си лично подеста на града и оцелели благородници. Войници му донесли отрязаната глава на императора, а пленени придворни разпознали своя господар. После била балсамирана и той я показвал като скъпоценен трофей.

Чак като се убедил в смъртта на императора, султанът, който вече бил властелин на древната Римска империя, тържествено влязъл в столицата и се насочил към нейното сърце – величествената „Света София“. Коленичил пред храма, след което, без да бърза, влязъл вътре и заповядал на един от придружаващите го улеми да провъзгласи от амвона, че няма друг бог освен Аллах. От този момент нататък християнският храм се считал за мюсюлмански и новият му господар отправил благодарност за даруваната му победа. Името на Божията премъдрост е запазено, но самата Божия Премъдрост е поругана. От обстрела при обсадата, пожарите и грабежите катедралата и градът били силно разрушени и новият владетел разпоредил възстановителни дейности за запазване ценностите на своята бъдеща столица. Камбаните били свалени и претопени. Едно след друго били издигнати минарета.

През 1483-годишното си съществуване величественият храм е претърпял множество премеждия, десетки пожари и земетресения причинявали разрушения и повреди. Всъщност Източната римска империя не за пръв път е покорена и „Света София“ не за пръв път изгубва статута си на православен храм. Войските на кръстоносците завладяват града през 1204 г., храмът става католически, а за константинополски патриарси били назначавани монаси, лоялни към Ватикана. Империята се разделя на малки владения и никога повече не успява да възвърне предишното си могъщество.

Чудо е, че Константинопол е завладян от османските турци чак през 1453 година. След XII век Византийската империя постепенно отслабва и се смалява, изтощена от войни със съседните страни, от граждански бунтове, от кръстоносните походи, от недоволства заради униатска политика спрямо Западната църква, особено след подписването на Лионската уния през 1274 година. Византийските императори неведнъж са използвали наемна османска войска, за да потушават граждански бунтове и войни със съседите. За отслабването на държавата допринася и исихастката полемика, тъй като императорът Йоан VІ Кантакузин подкрепя св. Григорий Палама, а патриарх Йоан ХІV Калека е яростен противник на исихасткото учение, имайки на своя страна голяма част от висшето духовенство и благородниците. Противопоставянето и враждата между светските и духовните власти изтощава силите на обществото във вътрешни конфликти, докато през същото време турците постепенно завладяват територии, изграждат крепости и неумолимо приближават столицата. През октомври 1352 г. става битката на съюзените византийци, българи и сърби при Питион – първата голяма битка на територията на Европа с османските турци, които се сражават в подкрепа на Матей Кантакузин срещу Йоан V. Враждата между Йоан V и тъста му Йоан VІ Кантакузин допълнително изтощава Византийската държава и улеснява османското завоевание на Балканите, а тази битка се оказва решаваща за съдбата на империята, на континента и на християнството.

Отношенията между Църква и държава се развиват бурно и конфликтно, като балансът често се променя към едната или другата страна. На Рождество Христово през 906 г. патриарх Николай Мистик застанал на Царските врата, които били изработени от дървесината на Ноевия ковчег, и не пуснал да влезе в храма император Лъв VІ заради неговото четвъртобрачие. Императорът се обърнал и си тръгнал, облян в сълзи. Образът на каещия се император, паднал по очи пред трона на Христос, е запазен на мозайка в „Света София“. (...)